Le premier contact du témoin avec le GEIPAN peut être un appel téléphonique, un mail informel, la réception d’un questionnaire GEIPAN rempli ou d'un procès verbal de gendarmerie. Si le témoignage se révèle très facile à expliquer sans enquête, une réponse rapide est donnée au témoin, le traitement du dossier s'arrête là, sans publication sur le site web du GEIPAN. 

Dans les autres situations, il y a ouverture d'un dossier de cas d'

OBSERVATION

Description, rapportée par un témoin direct, d'un phénomène supposé d'origine aérospatiale et qui n'est pas identifié par l'observateur. Cette description est en général constituée de la narration d'une OBSERVATION visuelle accompagnée ou non d'enregistrements (photo, vidéo, traces radar ...) et/ou de traces matérielles sur l'environnement. L'OBSERVATION visuelle n'est cependant pas obligatoire et le témoignage peut n'être constituée que d'enregistrements ou de traces matérielles.  qui peut suivre plusieurs circuits selon la complexité ou l'étrangeté du cas :

• Enquête rapide faite à distance au CNES avec les partenaires (Météo-France, Aviation civile, Armée de l’air, Gendarmerie) via l'établissement de la carte astronomique du jour, des passages de satellite, de la météo, des passages d'avions, de ballons, des retombées de débris spatiaux… 
• Recours à un enquêteur partenaire pour procéder à une investigation sur site, ce qui inclut l'interview des témoins, la recherche d'autres témoins ou causes locales…
• Intervention d'un ou plusieurs membres du collège d'experts du GEIPAN pour analyser certaines hypothèses
• Intervention de la Gendarmerie (sites sensibles, cas de rencontres rapprochées avec traces au sol…)

Selon les cas, selon la complexité des observations, selon le nombre de dossiers en cours, les délais d'enquêtes peuvent atteindre plusieurs mois. 

Enfin, au vu des éléments d'information recueillis et des avis de l’enquêteur partenaire et/ou des experts consultés, le responsable du Geipan peut alors procéder au classement du cas selon 4 catégories :

• A : phénomène parfaitement identifié, si le GEIPAN a des preuves de l’origine du phénomène.

• B : phénomène probablement identifié, si le GEIPAN est convaincu de l’origine du phénomène mais n’a pas pu réunir de preuve absolue.

• C : phénomène non identifiable, le GEIPAN n’ayant pas assez d’éléments pour porter un avis solide.

• D1 : phénomène non identifié, mais d’étrangeté et de consistance moyennes (ex : un seul témoin, pas de photo).

• D2 : phénomène non identifié, d’étrangeté et de consistance fortes (ex : plusieurs témoins indépendants, traces ou photos).

Le dossier à publier est ensuite anonymisé (toutes les données personnelles sont gommées) et finalisé pour diffusion au grand public sur le site du GEIPAN. Le témoin (et la brigade de gendarmerie si un PV a été établi) reçoit un courrier d’information et l’invitant à consulter le site Internet. La déontologie du GEIPAN admet qu'il peut ne s'agir que d'un classement provisoire et que toute nouvelle information susceptible de faire évoluer ce classement peut aboutir au réexamen du cas. Un classement différent du premier peut alors intervenir.